Геном скота нелоре: найдены общие районы для признаков роста и женской плодовитости
Анализ 905 316 голов нелоре и импутированных геномов 42 591 животного выявил общие районы генома для роста и плодовитости тёлок, но не для окружности мошонки.
Исследователи проанализировали фенотипы 905 316 голов скота нелоре, зарегистрированные с 1984 по 2020 год, и картировали участки генома, связанные с ростом и ранней плодовитостью, сообщается в работе в BMC Genomics. biomedcentral.com
BMC Genomicsbiomedcentral.comОткрыть источник ↗ Для 42 591 животного импутировали последовательность полного генома; после контроля качества набор данных содержал 2 591 217 вариантов. Авторы применили взвешенный одношаговый полногеномный ассоциативный анализ.
Изучали среднесуточный прирост (ADG), вес в годовалом возрасте (YW), окружность мошонки (SC), раннюю стельность тёлок в 16 месяцев (HP) и повторное осеменение тёлок (HR). Авторы отмечают, что рост и ранняя плодовитость важны для эффективности мясного скотоводства и определяются эндокринными, метаболическими и developmental-процессами развития.
Общие районы и генетические корреляции
Участки генома, объясняющие более 1% аддитивной генетической дисперсии, связали признаки роста (ADG и YW) с женскими репродуктивными признаками (HP и HR). Общих районов с SC не обнаружено.
Генетические корреляции соответствовали этой картине. Они были выше внутри признаков роста (ADG–YW, 0,65 ± 0,04) и внутри женских репродуктивных признаков (HP–HR, 0,57 ± 0,04). Между ростом и ранней плодовитостью корреляции умеренные, прежде всего ADG–HP: 0,39 ± 0,07. Корреляции HR с признаками роста и с SC были слабыми. biomedcentral.com
BMC Genomicsbiomedcentral.comОткрыть источник ↗
Общие окна найдены на хромосомах BTA14 и BTA7. Анализ обогащения указал на гормональную сигнализацию, процессы, связанные с MAPK, сигнализацию гормона роста, метаболизм холестерина и развитие плаценты.
Гены-кандидаты по признакам
Признаки роста в основном связаны с эндокринной и метаболической регуляцией; среди генов IGF1R, GHRH, GHRHR, INSR, LPL, MYBPC1 и MYO5B. Участки, связанные с SC, выделили гены развития семенников и клеточного гомеостаза: SLC9B1, SLC9B2 и UBE2D3.
Для HP участки указали на роль сигнальных путей IGF и гормонов, развития яичников и метаболического здоровья; среди генов IGFBP2, IGFBP5, GNRHR, INSR и FIGLA. Участки, связанные с HR, предполагают вклад эндокринного восстановления, компетентности развития и ранней поддержки плаценты; выделены LEP, FIGLA, GHRH, SOX13, KCNQ1 и DHCR7. biomedcentral.com
BMC Genomicsbiomedcentral.comОткрыть источник ↗
Авторы называют найденные гены кандидатами для функциональной проверки. По их словам, результаты могут поддержать стратегии геномной селекции, совместно повышающие продуктивность и репродуктивную эффективность. Работа ассоциативная, поэтому причинная роль найденных участков и генов остаётся подтвердить.
