Карта хроматина клеток глаза после дексаметазона связала 67 генов с ВГД и открытоугольной глаукомой
В культуре клеток трабекулярной сети человека изменения хроматина после дексаметазона сопоставили с GWAS-вариантами внутриглазного давления и открытоугольной глаукомы.
Исследователи смоделировали повышенное внутриглазное давление (ВГД), обработав дексаметазоном три первичные линии клеток трабекулярной сети человека, сообщает Proceedings of the National Academy of Sciences pnas.org
Proceedings of the National Academy of Sciencespnas.orgОткрыть источник ↗. Первичная открытоугольная глаукома (ПОУГ) — хроническое нейродегенеративное заболевание, а повышенное ВГД остаётся единственным модифицируемым фактором риска. Авторы построили карту контактов хроматина с центром на промоторах и регуляторных модулей с высоким разрешением.
Авторы сообщают о динамических изменениях компартментов хроматина и петель, цис-регуляторных элементов и узлов транскрипционных факторов, соответствующих изменению профиля экспрессии. При сопоставлении вариантов, найденных в полногеномных исследованиях ассоциаций, с хроматиновым ландшафтом после дексаметазона 29 генов связали с 23 ведущими вариантами ВГД, а 57 генов — с 46 вариантами ПОУГ; 19 генов общие.
Анализ путей для 67 генов, связанных с ВГД и ПОУГ, показал обогащение путей везикулярного транспорта, TLR, MAPK и hippo-YAP. Также авторы сообщают о регуляторной роли 103 некодирующих ведущих вариантов в транскрипции. Результаты они описывают как механистическую основу для генетики стероид-индуцированного ВГД и связанной патологии ПОУГ.
