Тест uRARE-seq по РНК в моче выявил 95% локализованного рака мочевого пузыря при специфичности 90%

Исследователи, включая команду Стэнфорда, описали uRARE-seq — метод жидкой биопсии, который секвенирует фрагменты свободной РНК (cfRNA) в моче. Согласно статье на nature.com, метод применили к 683 образцам мочи от пациентов с раком и от контрольной группы. Чувствительность при выявлении локализованного рака мочевого пузыря составила 95% при специфичности 90% nature.comnature.comnature.comОткрыть источник ↗.

Авторы отмечают, что это пока лабораторный результат и для оценки клинической пользы нужны проспективные исследования nature.comnature.comnature.comОткрыть источник ↗.

Как устроен метод

cfRNA в супернатанте мочи сильно фрагментирована, в отличие от РНК из клеточного осадка. Поэтому авторы адаптировали для коротких фрагментов мочи RARE-Seq — подход на основе гибридного захвата, изначально созданный для cfRNA плазмы nature.comnature.comnature.comОткрыть источник ↗.

Из трёх сравнённых стратегий выделения наибольший выход РНК дала колоночная на силикагеле. Выход обратно зависел от pH мочи и не зависел от времени хранения при −80 °C. Два способа консервации, с EDTA и с коммерческим раствором, дали сходные результаты. Ни один цикл заморозки и разморозки, ни задержка обработки от 0 до 48 часов значимо не изменили концентрацию РНК и экспрессию генов nature.comnature.comnature.comОткрыть источник ↗.

В моче cfRNA содержала транскрипты тканей мочеполовой системы. У пациентов с раком предстательной железы, почки или мочевого пузыря в ней были и опухолевые транскрипты nature.comnature.comnature.comОткрыть источник ↗.

Выявление и ответ на лечение

Метод превзошёл анализ опухолевой ДНК в моче и не зависел от мутаций полевого эффекта. Он также выявлял минимальную остаточную болезнь и отличал полный молекулярный ответ после операции от ответа после внутрипузырной терапии БЦЖ (BCG) nature.comnature.comnature.comОткрыть источник ↗.

В моче до лечения у пациентов с полным ответом на BCG были обогащены сигнатуры Т-клеток и другие иммунные сигнатуры, что авторы трактуют как предсуществующий противоопухолевый иммунный ответ. У пациентов без ответа выше была экспрессия генов, связанных с пролиферацией nature.comnature.comnature.comОткрыть источник ↗.

На этом различии по образцам мочи до лечения от 114 пациентов команда построила биомаркер, предсказывающий вероятность ответа на BCG в сравнении с химиотерапией. Площадь под кривой составила 0,93, а сам маркер был тесно связан с риском рецидива nature.comnature.comnature.comОткрыть источник ↗.

В сравнении на 93 образцах, приведённом в пересказе исследования, uRARE-seq выявил 89 случаев рака, а стандартная цитология мочи — 32.