Холера в Африке: геномные и эпидемиологические данные выделили 3–4 единицы трансмиссии
Авторы объединили филогеографические методы и эпидемиологические данные, чтобы показать, где холера чаще переходит границы в Африке. Кластеры проверили в симуляциях.
Исследователи сообщили в Science Advances, что передача холеры в странах Африки к югу от Сахары складывается в 3–4 отдельные «единицы трансмиссии холеры». Внутри каждой из них трансграничное распространение происходило чаще. Авторы применили традиционные филогеографические методы и новые подходы, объединяющие эпидемиологические и геномные данные doi.org
Science Advancesdoi.orgОткрыть источник ↗.
Эти единицы образуют два крупных кластера: один охватывает Западную Африку и граничащие страны, другой — Центральную, Восточную и Южную части континента doi.org
Science Advancesdoi.orgОткрыть источник ↗. В симуляциях авторы использовали кластеры, чтобы оценить риск международного распространения занесённых штаммов и выявить различия в скорости распространения в зависимости от места вспышки
doi.org
Science Advancesdoi.orgОткрыть источник ↗.
Методы также позволяют оценивать заболеваемость холерой, связанную с конкретными линиями, при отсутствии данных секвенирования. По словам авторов, работа имеет очевидное значение для борьбы с холерой.
