В Варшавском университете подтвердили существование белков с узлом 8_3

Команда под руководством Иоанны Сулковской из Центра новых технологий Варшавского университета экспериментально подтвердила существование в живой природе белков с топологическим узлом 8_3, опубликовав результаты в журнале PNAS, сообщает zero zero.plzerozero.plОткрыть источник ↗. Найденная структура включает восемь перехлёстов аминокислотной цепи, что делает её самым сложным узлом среди известных природных макромолекул. Новое семейство белков получило обозначение EIGHT fold, что расшифровывается как Extraordinarily Intricate Globular Helical Tangled fold.

Проверка структуры

Формирование такого узла ранее спрогнозировал алгоритм AlphaFold. Прежние теории фолдинга исключали подобную конфигурацию, поскольку для её завязывания требуется двукратное продевание конца цепи, тогда как описанные белки требовали только одного перехлёста. Учёные проверили расчёты на анаэробных бактериях из кишечника человека, выделили характерный белок и лабораторно определили его трёхмерное строение, которое совпало с предсказанным.

Кинетика разворачивания

Эксперименты показали, что процесс развязывания обнаруженного белка состоит из шести фаз и занимает 72 часа. По словам Сулковской, это наиболее сложная схема разворачивания макромолекулы среди описанных в литературе, однако это время укладывается в рамки биологической нормы. На завязанные в узлы молекулы приходится 0,4% известных типов белков, что соответствует до 600 тыс. разновидностей. Точный механизм сборки такой геометрии на рибосомах пока не установлен.