Атлас SheepGTEx: 6761 образец РНК из 51 ткани овец сопоставили с ДНК за 10 000 лет
Исследователи создали пилотный атлас регуляции генов SheepGTEx и сопоставили его с ДНК 52 древних овец, чтобы проследить влияние селекции на регуляцию в тканях.
Международная группа, включая исследователей Орхусского университета, опубликовала в Nature Genetics 9 ноября 2026 года пилотную фазу SheepGTEx — атласа того, как генетические варианты влияют на регуляцию генов у овец nature.com
Nature Geneticsnature.comОткрыть источник ↗. Команда проанализировала 6761 образец РНК-секвенирования от 2816 овец нескольких пород, охватывающих 51 ткань и тип клеток. SheepGTEx входит в проект Farm Animal Genotype-Tissue Expression (FarmGTEx).
Что вошло в атлас
Авторы выявили миллионы регуляторных вариантов, связанных с семью типами молекулярных фенотипов. Они провели тонкое картирование 322 468 первичных и 114 017 непервичных эффектов, что указывает на широкую регуляторную аллельную гетерогенность. Кроме того, они оценили, как эти варианты действуют в разных тканях, породах, у разных полов и на стадиях развития, и изучили их эволюционные ограничения у млекопитающих.
Ранее генетические исследования позволяли находить участки генома, связанные с признаками, но часто не могли определить задействованные гены, механизмы и ткани. С помощью атласа авторы выявили регуляторные механизмы 34 сложных признаков. В одном случае вариант, связанный с регуляцией гена FXYD1 в передней доле гипофиза — гормонпродуцирующей ткани, участвующей в размножении, — даёт гипотезу о различиях в размере помёта. Авторы подчёркивают, что это не доказывает, что FXYD1 определяет число ягнят. Атлас находится в открытом доступе.
Древняя ДНК и отбор
Команда сопоставила атлас с ДНК 52 древних овец, охватывающих около 10 000 лет. Варианты, регулирующие гены в одной или нескольких тканях, несли более выраженные признаки отбора, чем варианты, влияющие на многие ткани nature.com
Nature Geneticsnature.comОткрыть источник ↗. Сигналы отбора обнаружены среди вариантов, регулирующих гены в таких тканях, как кожа и шейка матки, что согласуется с отбором человеком по признакам шерсти, пигментации и размножения.
Пример — THNSL2, активность которого в коже зависит от генетических вариаций. Вариант, связанный с более высокой активностью THNSL2 у современных овец, в целом становился чаще у европейских овец между неолитом и Средними веками, хотя его частота колебалась. Шерсть растёт из волосяных фолликулов кожи, но, по словам авторов, прямого влияния на производство шерсти они не установили. Работа также затрагивает расхождение европейских и азиатских пород и адаптивную эволюцию овец за последние 10 тысячелетий.
Авторы отмечают, что варианты-кандидаты нужно проверить на независимых популяциях овец и протестировать их биологические эффекты. Также предстоит выяснить, повышает ли использование этой информации точность геномных прогнозов в селекционных программах.
