В нейтрофилах пациентов с волчанкой найден аберрантный сплайсинг РНК, дающий неоантигены для Т-клеток

Группа из Института иммунологии Ла-Хойя и Вашингтонского университета сообщила, что нейтрофилы пациентов с системной красной волчанкой (СКВ) содержат аберрантно сплайсированные транскрипты, которые транслируются в новые аминокислотные последовательности. Работа опубликована в Nature (nature.com); использованы образцы крови 34 пациентов с СКВ, 20 здоровых доноров и 15 пациентов с ревматоидным артритом nature.comnature.comnature.comОткрыть источник ↗. По данным пересказа SciTechDaily, такие нарушения были у 33 из 34 пациентов.

Авторы секвенировали РНК нейтрофилов с глубиной около 50 млн прочтений и длиной прочтения 101 п. н. С помощью собственного конвейера RiboSplitter они охарактеризовали 65 730 достоверных событий альтернативного сплайсинга в 5697 белок-кодирующих генах; 521 событие в 356 генах значимо отличалось от здоровых доноров nature.comnature.comnature.comОткрыть источник ↗.

Скрытый сплайсинг в нейтрофилах при СКВ

При пороге не менее пяти прочтений в нейтрофилах при СКВ обнаружено 271 скрытое (криптическое) событие сплайсинга в 130 генах. Ни одного из них не было у здоровых доноров и пациентов с ревматоидным артритом nature.comnature.comnature.comОткрыть источник ↗. Чаще всего встречались аномальные пропуски экзонов, затем пропуски нескольких экзонов, нетипичные 5′- или 3′-сайты сплайсинга и сохранение интронов.

Среди затронутых генов преобладали гены, индуцируемые интерфероном I типа. Чаще других ошибки сплайсинга возникали в IFI44L, MX1, OAS1, RSAD2, XAF1, IFI27 и IFIT1. Скрытые события отмечены и в генах, не считающихся интерферон-индуцируемыми, например ABCG1, PSMF1 и OGG1. Поддержка прочтениями для событий, дающих новые пептидные последовательности, составляла от 283 прочтений до порога в 5, медиана — 10 nature.comnature.comnature.comОткрыть источник ↗.

Иммунный ответ на новые пептиды

Масс-спектрометрия выявила в образцах пациентов 21 пептид из новых последовательностей на молекулах главного комплекса гистосовместимости класса I. При сокультивировании Т-клеток пациентов с перекрывающимися 15-мерными пептидами из этих последовательностей расширялись CD4+ и CD8+ Т-клетки, которые при повторной активации быстро секретировали интерферон-γ nature.comnature.comnature.comОткрыть источник ↗.

Секвенирование Т-клеточного рецептора и его реэкспрессия передали реактивность к неоантигену репортёрной Т-клетке. Сыворотка пациентов с СКВ также содержала аутоантитела IgG, распознающие эпитопы в новых последовательностях nature.comnature.comnature.comОткрыть источник ↗.

Авторы заключают, что нарушенный сплайсинг мРНК в нейтрофилах при СКВ порождает неоантигены, связанные с активацией Т- и В-клеток, клональной экспансией, переключением класса IgG и аутоиммунитетом nature.comnature.comnature.comОткрыть источник ↗. Эксперименты выполнены на образцах и клетках пациентов в пробирке.