Секвенирован полный геном Rahnella aceris HPDA25 из микоризосферы Gastrodia elata: 5,63 Мб
Авторы собрали полный геном бактерии из микоризосферы Gastrodia elata, стимулирующей рост гриба Armillaria gallica. Функции генов пока не проверены экспериментально.
Исследователи опубликовали в BMC Genomic Data полную последовательность генома Rahnella aceris HPDA25 — бактерии, стимулирующей рост растений, выделенной из микоризосферы лекарственной орхидеи Gastrodia elata. biomedcentral.com
BMC Genomic Databiomedcentral.comОткрыть источник ↗ Геном прочитан на платформе PacBio Sequel и собран в 5,63 Мб: одна кольцевая хромосома и две кольцевые плазмиды, N50 контигов составляет 4,98 Мб. По данным авторов, штамм стимулирует рост орхидного микоризного гриба Armillaria gallica.
Рост, развитие и накопление активных соединений у G. elata зависят от бактерий микоризосферы, которые косвенно улучшают питание хозяина, стимулируя рост A. gallica. Данных о бактериальном сообществе этой орхидеи, особенно о ключевых функциональных штаммах, было мало, что ограничивает их применение в выращивании лекарственных растений.
Сборка и аннотация генома
Команда объединила длинные прочтения PacBio Sequel и парные короткие прочтения Illumina NovaSeq. Сборку выполнили в HGAP4 и отполировали в Pilon. Хромосома занимает 4,96 Мб, плазмиды — 0,14 Мб и 0,53 Мб. GC-состав хромосомы — 52,25%, меньшей плазмиды — 51,89%, большей — 52,16%. По оценке CheckM v1.2.3, полнота генома 100,00%, контаминация 5,46%.
Предсказание генов выявило 5246 белок-кодирующих генов, 76 тРНК и 22 рРНК, а также CRISPR-локусы, геномные острова и профаги. biomedcentral.com
BMC Genomic Databiomedcentral.comОткрыть источник ↗ При функциональной аннотации 3570 генов отнесены к 44 категориям Gene Ontology, 5004 гена — к 220 путям KEGG, 4204 гена — к 24 категориям COG. Поиск по базам данных нашёл 118 детерминант устойчивости к антибиотикам, 467 генов, связанных с факторами вирулентности, и 735 генов в базе взаимодействий патогена и хозяина.
Определение вида
Средняя нуклеотидная идентичность штамма с типовым штаммом Rahnella aceris Y9602T равна 98,55%, а цифровая ДНК-ДНК-гибридизация с типовым штаммом SAP-19T — 87,5%. Эти значения выше границ вида: 95–96% и 70%. С Rahnella aquatilis CIP 78.65T идентичность составила 92,62%, гибридизация — 48,2%.
Исходные прочтения и готовая сборка размещены в публичных геномных репозиториях. Авторы отметили, что экспериментальная проверка и функциональный анализ кластеров генов, стимулирующих рост A. gallica и растения-хозяина, ещё предстоят.
