Эксетер описал средний геном человека: 4,3–5,3 млн отличий от эталона

Учёные из Медицинской школы Университета Эксетера создали наиболее полное описание «среднего» человеческого генома, сообщает ixbt.com. Они проанализировали данные полногеномного секвенирования почти 900 тысяч взрослых участников британского проекта UK Biobank и американской программы All of Us. Типичный геном отличается от стандартной эталонной последовательности примерно в 4,3–5,3 млн точек. ixbt.comixbt.comixbt.comОткрыть источник ↗

Варианты и работа генов

Подавляющее большинство этих вариантов распространено в популяции, находится вне границ генов и не оказывает измеримого влияния на здоровье. Лишь около 1,5% всех различий относятся к редким.

В среднем человек несёт около 229 вариантов, способных нарушить работу гена, хотя лишь 72% из них подтверждены с высокой достоверностью. Среди генов, связанных с моногенными наследственными заболеваниями, у каждого найдётся от 1 до 3 вариантов, которые ClinVar, международный ресурс клинически значимых генетических изменений, классифицирует как патогенные или вероятно патогенные. Большинство из них представляют собой единственную копию при рецессивных состояниях, то есть человек выступает здоровым носителем.

Кроме того, в каждом геноме присутствует порядка 50 вариантов с неясным значением, влияние которых пока невозможно интерпретировать. ixbt.comixbt.comixbt.comОткрыть источник ↗

Новые мутации и оценки риска

Анализ 2334 пар родителей и детей показал, что каждый человек получает около 61 новой мутации, плюс ещё две, возникающие на ранних этапах развития эмбриона. От 75% до 80% прослеживаемых новых мутаций происходят от отца. Каждый добавленный год отцовского возраста в момент зачатия увеличивает их число примерно на 1,2 мутации, тогда как материнский возраст добавляет лишь 0,4.

Полигенные оценки риска, то есть совокупная вероятность развития болезней на основе множества мелких отличий, показали схожую картину. При анализе 28 распространённых заболеваний средний участник оказался в топ-10 процентов примерно по трём из них. Примерно каждый пятый представитель европейской популяции и каждый третий участник другой группы набрали максимальный балл хотя бы по одному заболеванию. Разрыв авторы связывают преимущественно с тем, что алгоритмы рассчитывались на выборке европейцев, а не с реальной разницей в рисках.

Люди африканского происхождения в среднем несут на 1 млн больше вариантов, что частично объясняется смещением самого референсного генома, созданного преимущественно на материалах европейцев. ixbt.comixbt.comixbt.comОткрыть источник ↗

Профессор Кэролайн Райт отмечает, что генетическая вариативность является нормой, а наличие небольших наборов вариантов, связанных с болезнями, не гарантирует их проявления у конкретного человека. Интерпретация результатов генетического тестирования и запуск программ скрининга требуют учёта симптомов, семейного анамнеза и других клинических факторов.