Команда CHA University обнаружила 5600 белков в пробе из около 20 клеток методом nbDIA
Метод nbDIA оптимизирует режим измерения на имеющихся приборах, без закупки специального оборудования. В ткани HER2-положительного рака молочной железы найдено более 6100 белков.
Исследовательская группа профессора Пак Чжунхо из медицинской школы CHA University разработала метод, который выявляет тысячи белков в пробе размером в несколько десятков клеток, сообщает thefirstmedia.net. Работа выполнена совместно с патологоанатомической группой больницы Сеульского национального университета и компанией MeteoBiotech и опубликована в журнале Analytical Chemistry Американского химического общества. thefirstmedia.net
thefirstmedia.netthefirstmedia.netОткрыть источник ↗ Авторы оптимизировали условия измерения на существующих аналитических приборах, поэтому дополнительное специализированное оборудование не потребовалось.
Как работает метод nbDIA
Протеомика измеряет белки в клетках или ткани, чтобы охарактеризовать причины и биологические особенности болезни. Чем меньше клеток в пробе, тем меньше белков удаётся обнаружить. Команда объединила измерение BoxCar, которое эффективно выявляет слабые сигналы пептидов, с узкооконным независимым от данных анализом (narrow-window DIA), повышающим точность. Так получился новый метод nbDIA. В пробе из около 20 клеток он выявил более 5600 белков, а повторные измерения не показали большого разброса значений.
Проверка на ткани рака молочной железы
Чтобы оценить применимость к клиническим образцам, команда использовала метод на ткани пациентов с HER2-положительным раком молочной железы. Исследователи выделили 20 микроучастков по 30–60 клеток каждый и обнаружили более 6100 белков. В пределах одной опухоли состав белков различался между участками с высокой и низкой экспрессией HER2. При сравнении с данными экспрессии генов той же ткани белковый анализ показал активацию связанного с HER2 сигнального пути, которую генный анализ не выявил.
Пак Чжунхо заявил, что методику можно применять для изучения неоднородности опухолей, анализа малых клеточных популяций и поиска клинических биомаркеров. Для применения в диагностике или лечении потребуется дополнительная проверка на образцах разных пациентов.
