La Jolla Institute for Immunology запустил FITdb — открытую базу из 43 функциональных генетических скринингов
FITdb объединяет 43 скрининга по 20 696 генам мыши и 22 293 генам человека в 199 типах и состояниях иммунных клеток. Можно узнать, как изменение гена влияет на функцию клетки.
Учёные La Jolla Institute for Immunology (LJI) в Ла-Хойе, Калифорния, создали базу данных Functional Immunogenomics and Transcriptomics (FITdb) — свободно доступный ресурс, который объединяет наборы данных функциональной геномики для исследований иммунных клеток, сообщает newswise.com. Базой руководит доцент LJI Мигель Рейна-Кампос (Miguel Reina-Campos), Ph.D. newswise.com
newswise.comnewswise.comОткрыть источник ↗
Сейчас FITdb включает данные 43 независимых функциональных генетических скринингов: 31 массового (bulk) и 12 одноклеточных. Скрининги охватывают 20 696 генов мыши и 22 293 гена человека в 199 типах и состояниях иммунных клеток при 29 условиях. По словам Рейны-Кампоса, это избавляет от необходимости искать такие сведения в сотнях статей и их дополнительных файлах.
Как исследователи работают с базой
Пользователь может ввести название гена и увидеть, как его функциональное возмущение влияет на работу иммунной клетки. Возможен и обратный путь: выяснить, какие гены или регуляторы могут быть перспективными мишенями для управления иммунными клетками в борьбе с раком или вирусами.
Авторы описали работу в Nucleic Acids Research и выделяют два инструмента. «Compare MyGeneSet» показывает пересечения между списками генов пользователя и функциональными наборами генов в FITdb. «Compare MyScreen» позволяет напрямую сравнить собственные данные скрининга с имеющимися наборами. newswise.com
newswise.comnewswise.comОткрыть источник ↗ Пользователи также могут строить визуализации по генам и разворачивать данные отдельных скринингов.
При разработке лекарств FITdb можно использовать, чтобы проверять, вызывают ли молекулы-кандидаты нецелевые эффекты в определённых типах иммунных клеток, отмечают авторы.
Пример: транспортёры LAT и LAT2
Сотрудники лаборатории Рейны с помощью FITdb изучали функциональные эффекты и генетические регуляторы транспортных белков LAT и LAT2. База позволила изучить, сравнить и визуализировать данные по взаимодополняющим наборам CRISPR.
Запросы к FITdb помогли выявить несколько регуляторов экспрессии LAT и LAT2, в том числе два уникальных ингибитора и два уникальных промотора. По данным группы, это дало более глубокое понимание факторов, участвующих в покое и активации Т-клеток. newswise.com
newswise.comnewswise.comОткрыть источник ↗
Разработка и использование
FITdb запущена за счёт стартового финансирования LJI для лаборатории Рейны и при поддержке ИТ-отдела LJI. Рейна-Кампос также работал с full-stack-разработчиком LJI Кевином Кимом (Kevin Kim) над созданием базы и организацией данных скрининга.
Платформа рассчитана на работу без программирования и без длинной инструкции, говорит Рейна-Кампос. За последний календарный год FITdb посетили почти 10 000 человек.
