WashU Medicine проверила точность инструментов поиска редких соматических вариантов ДНК в тканях человека

Исследователи Медицинской школы Вашингтонского университета в Сент-Луисе (WashU Medicine) и партнёры по сети Somatic Mosaicism across Human Tissues (SMaHT) проверили точность вычислительных инструментов для поиска редких соматических вариантов ДНК, сообщает newswise.com. newswise.comnewswise.comnewswise.comОткрыть источник ↗ Результаты опубликованы серией статей в журналах Cell Press: одна в Cell и две в Cell Genomics, их возглавили или соруководили ими специалисты WashU Medicine. newswise.comnewswise.comnewswise.comОткрыть источник ↗ Сеть поддерживает Общий фонд NIH. newswise.comnewswise.comnewswise.comОткрыть источник ↗

Соматический мозаицизм — это изменения ДНК, возникающие в течение жизни лишь в части клеток, поэтому ткани одного человека генетически различаются. В отличие от наследуемых вариантов, присутствующих в каждой клетке, такие изменения редки и трудно измеряются. Они меняют работу клеток и связаны со старением и болезнями, прежде всего с раком. newswise.comnewswise.comnewswise.comОткрыть источник ↗

Проверка инструментов обнаружения

Главная цель первого набора работ — подтвердить, что разработанные учёными инструменты находят все редкие изменения ДНК в мозаике организма с высокой статистической чувствительностью и специфичностью. newswise.comnewswise.comnewswise.comОткрыть источник ↗ Тинг Ван (Ting Wang), PhD, возглавляющий национальный организационный центр сети в WashU Medicine, заявил, что прежде чем изучать причины болезней, нужен эталонный спектр нормальной соматической вариации. newswise.comnewswise.comnewswise.comОткрыть источник ↗ WashU Medicine — крупнейший из пяти центров производства данных: с запуска сети в 2023 году он дал более 25% всех полученных данных. newswise.comnewswise.comnewswise.comОткрыть источник ↗

В исследовании Cell Genomics под руководством Вана использовали данные секвенирования консорциума Human Pangenome Reference Consortium. Ранее их применяли в основном для поиска наследуемых вариантов; это первая работа, показавшая, что по ним можно выявлять и соматическую вариацию в любой ткани. newswise.comnewswise.comnewswise.comОткрыть источник ↗

Синтетические мутации и стратегии секвенирования

Во втором исследовании Cell Genomics, которым руководил Шэн Чих (Питер) Цзинь (Sheng Chih Jin), PhD, использовали данные проекта International HapMap Project, финансировавшегося NIH и шедшего с 2002 по 2010 год. По словам Цзиня, подход позволяет синтетически создавать миллионы заведомо известных соматических мутаций, которые служат ресурсом для проверки точности поиска редких мутаций. newswise.comnewswise.comnewswise.comОткрыть источник ↗

Статья в Cell, подготовленная совместно с Mayo Clinic, обобщает результаты всей серии. newswise.comnewswise.comnewswise.comОткрыть источник ↗ Авторы заключают, что объёмное (bulk), одноклеточное и дуплексное секвенирование дополняют друг друга, а их сочетание даёт более полную картину мозаицизма внутри тканей. newswise.comnewswise.comnewswise.comОткрыть источник ↗

После проверки точности технологий исследователи работают над анализом нескольких образцов тканей от 150 доноров разного происхождения и разных этапов жизни. newswise.comnewswise.comnewswise.comОткрыть источник ↗