Vanderbilt-Ingram составил транскриптомный атлас 7600 опухолей молочной железы из 22 исследований

Исследователи Vanderbilt-Ingram Cancer Center составили один из крупнейших транскриптомных атласов рака молочной железы, объединив данные более чем 7600 опухолей из 22 независимых исследований, сообщает eurekalert.org. Работа опубликована 3 ноября в Cell Reports Medicine. eurekalert.orgeurekalert.orgeurekalert.orgОткрыть источник ↗ Транскриптом — это полный набор молекул РНК, которые производит опухоль; он отражает экспрессию генов и другие молекулярные характеристики.

По словам авторов, атлас даёт основу для выбора лечения по молекулярным характеристикам опухоли, а не только по стандартной патологии.

Пределы текущей классификации

Рак молочной железы традиционно классифицируют и лечат по наличию или отсутствию гормональных рецепторов (эстроген, прогестерон) и HER2. Транскриптомное профилирование выделило некоторые молекулярные подтипы, но клинический ответ внутри одного подтипа различается, а другие подтипы, отмеченные патологами, остаются неопределёнными.

Работа опирается на более ранние исследования Брайана Лемана и Дженнифер Питенпол по подтипам тройного негативного рака молочной железы. Те исследования показали, что подтипы различаются по чувствительности к лекарственным агентам, а результаты легли в основу клинических испытаний таргетной терапии. В новом исследовании подход распространили на все типы рака молочной железы. eurekalert.orgeurekalert.orgeurekalert.orgОткрыть источник ↗

Метод и результаты

Сравнение наборов данных из разных исследований, платформ секвенирования и методов анализа давно остаётся трудностью геномики рака. Чтобы её преодолеть, команда адаптировала вычислительные подходы, изначально созданные для геномики отдельных клеток, и свела транскриптомы тысяч опухолей в единую аналитическую систему.

Атлас группирует опухоли в связанные кластеры с общими молекулярными признаками, ответом на лечение и клиническими исходами. В виде карты он напоминает архипелаг: родственные популяции опухолей образуют отдельные острова. По словам Лемана, анализ выявил ранее скрытые формы рака молочной железы, различающиеся по прогнозу, биологии и чувствительности к лечению, в том числе группы пациентов с плохими исходами, которые нынешние классификации обычно не распознают.

Исследователи также создали инструмент, который относит опухоли к подтипам по стандартным данным объёмного (bulk) секвенирования РНК; он предназначен для будущих исследований и клинических испытаний. eurekalert.orgeurekalert.orgeurekalert.orgОткрыть источник ↗

Авторы называют следующим шагом проспективную проверку: улучшают ли исходы решения о лечении, принятые по этим транскрипционным подтипам. Они добавляют, что подход можно применять и для объединения транскриптомных, протеомных и других больших молекулярных наборов данных при других заболеваниях. Первый автор — Синь Сунь.