eDNA-метабаркодинг в бассейне реки Серкьо в Италии выявил 62 таксона позвоночных, больше традиционных методов

Исследователи из Флорентийского и Пизанского университетов применили метабаркодинг environmental DNA (eDNA) в бассейне реки Серкьо в Тоскане, Центральная Италия, и выявили 62 таксона позвоночных, говорится в работе в журнале Water Biology and Security doi.orgWater Biology and Securitydoi.orgОткрыть источник ↗. Бассейн изучен слабо и включает разнородные среды, от горных ручьёв до равнинных участков doi.orgWater Biology and Securitydoi.orgОткрыть источник ↗.

Отбор проб и результаты

Команда отобрала пробы воды в пяти стратегических зонах, на реках разного размера внутри каждой зоны. Пробы отфильтровали и выделили из них eDNA. Найденные таксоны относятся к основным классам позвоночных, представленным в этих реках: рыбам, земноводным, пресмыкающимся, птицам и млекопитающим. Среди них есть как охраняемые виды, так и инвазивные чужеродные doi.orgWater Biology and Securitydoi.orgОткрыть источник ↗.

Наблюдаемое распределение соответствовало экологическим ожиданиям: известным предпочтениям местообитаний и продольной зональности реки doi.orgWater Biology and Securitydoi.orgОткрыть источник ↗. По данным авторов, метабаркодинг eDNA охарактеризовал биоразнообразие бассейна за относительно короткое время по сравнению с традиционными методами и охватил гамма-разнообразие территории. Данные качественные: они показывают присутствие водных и наземных позвоночных doi.orgWater Biology and Securitydoi.orgОткрыть источник ↗.

Обнаружены следы ДНК Lampetra (миноги), рода, о котором в бассейне Серкьо нет исторических записей. Авторы также сообщили о значимой корреляции между числом прочтений ДНК европейского угря и числом плотин между точками отбора и устьем doi.orgWater Biology and Securitydoi.orgОткрыть источник ↗.

Сравнение с традиционным мониторингом

Результаты eDNA сравнили с традиционным мониторингом: трансектными обследованиями, проведёнными с марта 2021 года по октябрь 2023 года, и сеансами электролова. Во всех зонах eDNA выявила больше видов, включая таксоны, не строго связанные с речной системой. Однако оба подхода обнаружили и некоторые уникальные таксоны doi.orgWater Biology and Securitydoi.orgОткрыть источник ↗.

Число таксонов в основном русле обычно было выше, чем в малых притоках, что указывает на накопление eDNA в главных ветвях реки. По мнению авторов, это говорит о возможности сосредоточиться на основных руслах для более эффективного мониторинга биоразнообразия на масштабе бассейна doi.orgWater Biology and Securitydoi.orgОткрыть источник ↗.

Авторы отмечают, что традиционный мониторинг в текучих водах часто инвазивен, требует специальных навыков и связан с обращением с особями, что может приводить к их гибели. Метабаркодинг eDNA — неинвазивная альтернатива, основанная на генетическом материале, который организмы естественно выделяют в среду doi.orgWater Biology and Securitydoi.orgОткрыть источник ↗.