RETrace2 от Altos Labs прослеживает линии клеток по гомополимерам у мышей с дефектом Msh2

Группа из Altos Labs, Калифорнийского университета в Сан-Диего, Венского медицинского университета и других институтов описала RETrace2 — одноклеточный двухомиксный метод для одновременного прослеживания клеточных линий и определения типа клеток. Статья опубликована 7 ноября 2026 года в Nature Communications; корреспондирующий автор — Кун Чжан. nature.comNature Communicationsnature.comОткрыть источник ↗ Авторы проверили метод in vitro и на мышах с дефектом гена Msh2.

Гомополимеры как маркеры линий

Ретроспективная реконструкция клеточных линий по соматическим мутациям нужна для изучения развития, поддержания тканей и болезней. По словам авторов, существующие подходы ограничены низкой плотностью маркеров, техническим шумом и неполным молекулярным считыванием, что снижает разрешение и точность восстановленных линий.

RETrace2 нацелен на сильно изменчивые гомополимеры. Авторы показали, что они примерно вдвое информативнее обычных микросателлитных повторов. В метод также вошли технические улучшения, которые увеличивают покрытие маркеров и уменьшают экспериментальные ошибки при считывании и амплификации гомополимеров.

С этими изменениями, по оценке авторов, RETrace2 способен непрерывно прослеживать линию с разрешением менее пяти клеточных делений у организмов с микросателлитной нестабильностью. nature.comNature Communicationsnature.comОткрыть источник ↗

Проверка и считывание метилирования

Из тех же клеток метод получает разреженные профили метилирования, по которым определяют тип клеток. Таким образом, линия и тип клетки считываются в каждой отдельной клетке.

Авторы проверили RETrace2 на моделях in vitro с известной истинной структурой линий. In vivo они восстановили многоорганные деревья линий по мозгу, почке и печени мышей с дефектом Msh2.

Указанное разрешение — оценка для организмов с микросателлитной нестабильностью, а демонстрация in vivo выполнена на мышиной модели с дефектом гена Msh2. nature.comNature Communicationsnature.comОткрыть источник ↗